二代測(cè)序技術(shù)的一些***研究進(jìn)展②

植物基因組學(xué)研究領(lǐng)域 ：

花生四倍體野生種基因組測(cè)序：河南農(nóng)業(yè)大學(xué)殷冬梅教授團(tuán)隊(duì)和上海交通大學(xué)韋朝春教授團(tuán)隊(duì)聯(lián)合發(fā)布了花生四倍體野生種近乎完整基因組 amon2.0 版本。該研究結(jié)合 ONT 超長(zhǎng)讀段、二代測(cè)序和 Hi-C 等多種測(cè)序技術(shù)，使基因組的連續(xù)性、完整性和準(zhǔn)確性都得到了顯著提高，為花生的遺傳馴化和分子育種提供了重要的基因組數(shù)據(jù)信息資源。

長(zhǎng)雄野生稻基因組解析：中科院昆明動(dòng)物所王文研究組與云南省農(nóng)科院糧食作物研究所胡鳳益研究組等中外機(jī)構(gòu)合作，利用二代測(cè)序技術(shù)成功組裝出高質(zhì)量的長(zhǎng)雄野生稻基因組，并對(duì)其與近緣物種的分歧時(shí)間、基因的收縮擴(kuò)張等進(jìn)行了分析，還鑒定出一批可能影響地下莖以及自交不親和性狀的候選基因及代謝途徑，為解析相關(guān)分子機(jī)制提供了重要線索。 二代測(cè)序廣泛應(yīng)用于醫(yī)學(xué)研發(fā)。上海二代測(cè)序技術(shù)

二代測(cè)序——轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的應(yīng)用領(lǐng)域

1、基礎(chǔ)生物學(xué)研究：可以用于研究生物的發(fā)育過(guò)程。例如，在胚胎發(fā)育過(guò)程中，通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以了解不同階段胚胎細(xì)胞中基因的表達(dá)變化，揭示胚胎發(fā)育的分子機(jī)制。還可以用于物種進(jìn)化研究，比較不同物種間轉(zhuǎn)錄組的差異，推斷基因表達(dá)的進(jìn)化模式。

2、醫(yī)學(xué)研究和臨床診斷：在疾病研究方面，用于尋找疾病相關(guān)的生物標(biāo)志物。例如，在**研究中，通過(guò)對(duì)比**組織和正常組織的轉(zhuǎn)錄組，可以發(fā)現(xiàn)一些在**中特異性高表達(dá)或低表達(dá)的基因，這些基因有望成為**診斷、預(yù)后判斷的標(biāo)志物。同時(shí)，也可以用于藥物研發(fā)，通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序了解藥物作用后細(xì)胞基因表達(dá)的變化，評(píng)估藥物療效和毒性。

3、農(nóng)業(yè)和植物學(xué)研究：在作物育種中，可以研究不同品種作物在抗逆性（如抗旱、抗寒、抗?。┑确矫娴幕虮磉_(dá)差異，為培育優(yōu)良品種提供理論依據(jù)。在植物生長(zhǎng)發(fā)育研究中，分析植物在不同生長(zhǎng)環(huán)境和生長(zhǎng)階段的轉(zhuǎn)錄組變化，了解植物***等因素對(duì)植物生長(zhǎng)的調(diào)控機(jī)制。 安徽哪里有二代測(cè)序提供二代測(cè)序結(jié)果怎么分析？

④二代測(cè)序一般多久出結(jié)果？

4、數(shù)據(jù)分析的復(fù)雜程度

數(shù)據(jù)分析是二代測(cè)序的重要環(huán)節(jié)。簡(jiǎn)單的分析，如檢測(cè)已知的單核苷酸多態(tài)性（SNP），可以通過(guò)與參考基因組比對(duì)后利用一些成熟的軟件快速完成。但如果是進(jìn)行復(fù)雜的分析，如尋找新的基因融合事件、復(fù)雜結(jié)構(gòu)變異的檢測(cè)或者進(jìn)行從頭組裝（denovoassembly），則需要更復(fù)雜的算法和更多的計(jì)算資源，花費(fèi)的時(shí)間可能從數(shù)天到數(shù)周。例如，對(duì)于常規(guī)的SNP檢測(cè)和注釋，數(shù)據(jù)分析可能在1-3天內(nèi)完成；而對(duì)于**樣本中復(fù)雜的基因融合分析，可能需要3-7天甚至更長(zhǎng)時(shí)間來(lái)確保結(jié)果的準(zhǔn)確性。

二代測(cè)序——轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的實(shí)驗(yàn)流程（上）

樣本采集和 RNA 提取

樣本采集需要考慮研究目的和樣本類型。例如，研究**組織的轉(zhuǎn)錄組，就要準(zhǔn)確獲取**組織樣本，同時(shí)比較好有對(duì)應(yīng)的正常組織作為對(duì)照。RNA 提取方法有多種，常用的如 Trizol 法，它可以有效地從細(xì)胞或組織中提取總 RNA，包括 mRNA、rRNA 和 tRNA 等。提取后的 RNA 質(zhì)量至關(guān)重要，需要通過(guò)瓊脂糖凝膠電泳或?qū)ｉT的 RNA 質(zhì)量檢測(cè)儀器來(lái)評(píng)估 RNA 的完整性和純度。

RNA 質(zhì)量檢測(cè)和定量

完整性方面，通常使用 RNA 完整性指數(shù)（RIN）來(lái)衡量。RIN 值越高（一般認(rèn)為 RIN > 7 是高質(zhì)量 RNA），說(shuō)明 RNA 完整性越好。定量方法主要有紫外分光光度法和熒光定量法。紫外分光光度法可以通過(guò)測(cè)量 RNA 在 260nm 和 280nm 處的吸光度比值來(lái)估計(jì) RNA 純度，比值在 1.8 - 2.0 之間表示純度較好。熒光定量法則是使用專門的熒光染料（如 Qubit）來(lái)更準(zhǔn)確地測(cè)量 RNA 濃度。

文庫(kù)構(gòu)建

首先要進(jìn)行mRNA富集，一般使用帶有poly-T的磁珠來(lái)特異性地捕獲mRNA，因?yàn)檎婧松飉RNA的3'端都有poly-A尾巴。然后將mRNA反轉(zhuǎn)錄為cDNA，再通過(guò)超聲或酶切等方法將cDNA片段化，片段大小通常在幾百個(gè)堿基對(duì)左右。之后在片段兩端連接上測(cè)序接頭，經(jīng)過(guò)PCR擴(kuò)增來(lái)增加文庫(kù)的量，使其達(dá)到可以上機(jī)測(cè)序的要求。

二代測(cè)序使用的是哪種設(shè)備？

二代測(cè)序不同應(yīng)用場(chǎng)景下的速度有多快？

病原微生物檢測(cè)：一般來(lái)說(shuō)，二代測(cè)序用于檢測(cè)病原微生物時(shí)，能夠在幾個(gè)小時(shí)到一天左右出結(jié)果。比如在快速檢測(cè)血液中的病原微生物時(shí)，通?？梢栽趲讉€(gè)小時(shí)內(nèi)獲得檢測(cè)結(jié)果，相比傳統(tǒng)的血液培養(yǎng)方法，時(shí)間大幅縮短，傳統(tǒng)血液培養(yǎng)一般需要幾天到一周的時(shí)間 。

全基因組測(cè)序：如果是對(duì)人類全基因組進(jìn)行測(cè)序，以目前的技術(shù)水平，使用二代測(cè)序技術(shù)完成一個(gè)人的全基因組測(cè)序，一般需要 1-2 天左右的時(shí)間。而在十幾年前，人類全基因組測(cè)序計(jì)劃***完成時(shí)，耗費(fèi)了大量的時(shí)間和精力，相比之下二代測(cè)序技術(shù)的速度提升***。

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的時(shí)間相對(duì)較短，一般幾個(gè)小時(shí)內(nèi)可以完成對(duì)大量 RNA 分子的測(cè)序和初步數(shù)據(jù)分析，進(jìn)而快速了解基因在特定條件下的表達(dá)情況8. 二代測(cè)序廣泛應(yīng)用于基因組學(xué)研究。上海二代測(cè)序價(jià)格

NGS測(cè)序是二代測(cè)序嗎？上海二代測(cè)序技術(shù)

一代、二代、三代測(cè)序的區(qū)別分別是什么？

一代測(cè)序是上世紀(jì)70年代由Sanger和Coulson開(kāi)創(chuàng)的DNA雙脫氧鏈終止法測(cè)序，也稱為Sanger測(cè)序。

二代測(cè)序技術(shù)(NGS)是為了改進(jìn)一代測(cè)序通量過(guò)低的問(wèn)題而出現(xiàn)的，能夠同時(shí)對(duì)上百萬(wàn)甚至數(shù)十億個(gè)DNA分子進(jìn)行測(cè)序?qū)崿F(xiàn)了大規(guī)模、高通量測(cè)序的目標(biāo)。

三代測(cè)序主要有兩種技術(shù)PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore 的納米孔單分子測(cè)序技術(shù)，這兩種技術(shù)的測(cè)序讀長(zhǎng)都可以達(dá)到幾-kb的級(jí)別，遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于二代測(cè)序技術(shù)。 上海二代測(cè)序技術(shù)

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